João Manuel Gonçalves Lourenço nasceu a 5 de março de 1954, na cidade do Lobito, Província de Benguela. É filho de Sequeira João Lourenço, Enfermeiro natural de Malanje, e de Josefa Gonçalves Cipriano Lourenço, Costureira natural do Namibe, ambos já falecidos.
Estudou em Luanda, na então Escola Industrial de Luanda e no Instituto Industrial de Luanda. Após a queda do regime fascista em Portugal, juntou-se à luta de libertação nacional na República do Congo, em agosto de 1974, tendo recebido formação político-militar no Centro de Instrução Revolucionária (CIR) Kalunga.
Fez parte do primeiro grupo de combatentes do MPLA que entrou em território angolano via Miconge, em direção à cidade de Cabinda, após a queda do regime colonial português. Na véspera da Independência, participou em combates na fronteira do N’Tó/Yema e em outras batalhas contra a coligação FNLA/Exército Zairense, culminando na derrota dessas forças que pretendiam ocupar aquela província de Angola.
Durante e após a proclamação da Independência Nacional, a 11 de novembro de 1975, recebeu formação em artilharia pesada e exerceu funções como Comissário Político em vários níveis — desde pelotão, companhia, batalhão, brigada e como Comissário Político da 2.ª Região Político-Militar em Cabinda, entre 1977 e 1978.
Como parte do esforço de qualificação das Forças Armadas Populares de Libertação de Angola (FAPLA), partiu para a então União Soviética entre 1978 e 1982, onde, para além da formação militar, obteve o título de mestre em ciências históricas pela Academia Político-Militar V. I. Lénine.
De 1986 a 1989, por decisão do Presidente do MPLA e da República de Angola, foi designado para as funções de 1.º Secretário do Comité Provincial do MPLA e de Comissário Provincial de Benguela.
Entre 1989 e 1990, foi nomeado Chefe da Direção Política Nacional das FAPLA, sendo então promovido ao posto de general. De 1991 a 1998, foi Secretário do Bureau Político para a Informação e, cumulativamente por um breve período, Secretário do Bureau Político para a Esfera Económica e Social, assumindo também o cargo de Presidente do Grupo Parlamentar do MPLA.
Na sequência do IV Congresso Ordinário do MPLA, foi eleito pelo Comité Central para exercer o cargo de Secretário-Geral do MPLA, entre 1998 e 2003, período durante o qual presidiu à Comissão Constitucional da Assembleia Nacional.
De 2003 até abril de 2014, desempenhou funções como 1.º Vice-Presidente da Assembleia Nacional.
General na reforma, foi nomeado Ministro da Defesa Nacional por Decreto Presidencial em abril de 2014. Integra o Comité Central do MPLA desde 1985 e é membro do Bureau Político desde 1990. Após o VII Congresso Ordinário do MPLA, realizado em agosto de 2016, foi eleito Vice-Presidente do MPLA pelo Comité Central.
É casado com Ana Afonso Dias Lourenço e pai de seis filhos. No seu tempo livre, praticou futebol e karaté, e tem como hobbies a leitura, o xadrez e a equitação. Para além do português, fala inglês, russo e espanhol.